日本的出入境事务由法务省及各地入国管理局负责管理，所依据的基本法为《出入国管理及难民认定法》。中国公民入境日本需持有效护照和签证，并在入境口岸申请入境。入境时应填写“入境卡”，入境目的要与签证种类一致。入境者有义务提供个人生物识别信息（指纹、面部照片），否则将被拒绝入境。入境者应认真回答入境审查官提出的问题。即使持有日本驻华使领馆颁发的签证，但入境审查时，入国审查官有权拒绝当事人入境日本。
拟在日本连续居住3个月以上的外国人在入境日本时，需在入境审查部门办理居留申报手续。自2012年7月9日起，日本将对在日中长期居留的外国人发行“在留卡”。自成田机场、关西机场入境的申报人员可当场领取“在留卡”，其它机场（港口）入境人员需入境后到居住地市政府领取。
入境后当事人要保管好护照和签证，严格按所持签证被赋予的资格合法从事工作、学习。在日本长期居住者，持在留卡离开日本，自离境之日起一年内（居留期限不足一年的在居留期限到期前）返回日本，原则上无需申请“再入国许可”，其他人员需事先向所在地入管局申请“再入国许可”，如未办理再入国许可，将无法顺利返回日本。
拟在日本当地打工补贴生活费的留学生，需事先向入管局申请“资格外活动许可”，方可合法地从事勤工俭学，如未申请资格外活动许可从事打工，一旦被入管局查出，有可能被强制遣返回国。外国籍夫妇在日本生了孩子，需在60天内向入管局申报，否则须60日内离开日本；如打算继续在日本工作、学习，需申请延期在留期限；如与日本公民结了婚，需申请变更在留资格；如在日居住地发生变化，需在14日内向当地市政府申报。
关于外国人在日本居留涉及的法律问题，可直接向日本各地方入管局咨询。
中国公民出入境日本请注意：
·如果是短期来日（90天以内），应尽量购买往返机票或至第三国（地）的联程机票。
·应牢记日本接待单位、联系人及电话号码，以便应急。
·行李规格不超过标准(长56CM,宽36CM,高23CM)，重量不超过20公斤。各种刀具必须放入行李箱一并托运。
·入境日本前，在航班上向空乘人员索要“外国人入国记录”卡。务必仔细阅读并用繁体正楷或英语认真填报正反两面有关事项，尤其注意正确填报“渡航目的”（该项目的填报应与入境签证项目一致）、“日本滞在预定期间”（在日停留期限不能超出签证有效期）。
·抵达日本机场后，通过检疫站到入境检查站，出示护照和入境卡，在外国人检查口办理入境手续。接受入境审查时，一定要在准确理解入国审查官的提问后认真回答，切勿随意点头。日本规定需对年满16周岁以上的外国人采集指纹和脸部图像信息，请予以配合。
·曾有外国公民因填错信息或错误回答提问被拒绝入境，应引以为鉴。即使入境受阻，也不要急于按日方要求填写任何表格或在任何书面材料上签字，而应首先要求与日本接待单位、在日亲属等相关人员联系，避免因误填、误答受阻。
·在海关办理入关手续时，请将填写好的申报单和护照交海关官员。申报单既可在飞机上向空乘人员索取，也可在行李大厅领取填写，应如实申报。
·提取行李时，请确认航空公司及飞机班次，到指定行李传送台提取。提取行李后，出示护照及填好的海关申报单通关。海关分两大部分，属免税范围的到绿灯检查台办手续，不属免税范围的到红灯检查台办手续。
·入境手续办理完毕后，妥善保管同联“外国人出国记录”，日后办理从日本离境手续时会用到。
